Можно их запустить через SSL - ищи ssltunnel. Или еще бывает APOP, который qpopper умеет. Проблема и у того и у другого одна - мало клиентов, умеющих эти протоколы.

qRe: как сделать secure POP & IMAP

thx

a mozhno voobshe legko sdelat s obychnym pop3 clientom, dostat SSH client i delat, port-forwarging na cliente, i vmesto mail servera pisat 127.0.0.1 i port na kotory ty propisal SSH