С какими опциями смонтировать виндовый(-t vfat) патишн, чтобы все файлы не светились запускаемыми?

noexec

noexec на поздних ядрах 2.4 тебе не поможет.
/dev/hda1 /mnt/dos vfat user,showexec,codepage=866,iocharset=koi8-r,conv=auto 0 0
намного лучше. Показываются только исполняемые файлы.

А mode=0444 в опциях mount не поможет ?