Эта опция заставляет ваш SAMBA сервер быть сервером-членом домена.
При этом сервер-член домена соединяется с DC через NETLOGON Secure Channel, поэтому необходима процедура присоединения к домену, в отличие от security=server
В твоих условиях разницы может и не быть, но, если бы ты, попробовал то же в среде win2003 AD с отключенной совместимостью с устаревшими версиями, то, я думаю, заметил бы разницу, меж, к примеру, domain и ads.