Не удается удалить LV в LVM2....

покажи

vgdisplay -v 2>/dev/null | egrep 'Name|open'

точнее только для VG crypto:
vgdisplay -v crypto 2>/dev/null | egrep 'Name|open'

# vgdisplay -v crypto 2>/dev/null | egrep 'Name|open'
vgdisplay  VG Name               crypto
vgdisplay  LV Name                /dev/crypto/ubuntu-root
vgdisplay  VG Name                crypto
vgdisplay  # open                 2
vgdisplay  LV Name                /dev/crypto/swap
vgdisplay  VG Name                crypto
vgdisplay  # open                 1
vgdisplay  PV Name               /dev/mapper/sda6_crypt    

А как понять, кем он open?

Как понять, кто использует swap? Отключать его для начала не пробовал, чтоб затем перенастроить?

swapoff /dev/crypto/swap? пробовал?

Естественно, swap отключен!

Более того, я даже перезагрузку сделал после его отключения - не помогло (в fstab строчка со swap закомментирована).

lsof | grep crypto

>lsof | grep crypto

Crypto - это название vg. Вполне понятно, что для использования lv, и для удаления ее в том числе, требуется задействовать vg.

Понятно, но тебе что западло сюда вывод закинуть?

# lsof | grep crypto | grep swap

# whoami
root
# swapon -s
Filename                                Type            Size    Used    Priority
# lvs
lvs  LV          VG     Attr   LSize Origin Snap%  Move Log Copy% 
lvs  swap        crypto -wi-ao 1,34G                              
lvs  ubuntu-root crypto -wi-ao 4,00G                              
lvs  ubuntu-usr  vg     -wi-ao 3,00G                              
# lsof | grep crypto | grep swap
#  
(ничего не grep'ается)
  
# lvremove /dev/crypto/swap
lvremove  Can't remove open logical volume "swap"
# vgdisplay -v crypto 2>/dev/null | egrep 'Name|open'
vgdisplay  VG Name               crypto
vgdisplay  LV Name                /dev/crypto/ubuntu-root
vgdisplay  VG Name                crypto
vgdisplay  # open                 2
vgdisplay  LV Name                /dev/crypto/swap
vgdisplay  VG Name                crypto
vgdisplay  # open                 1
vgdisplay  PV Name               /dev/mapper/sda6_crypt     
# 

Кажется я понял. Этот раздел задействуется еще в initrd...