Для того чтобы сервер и клиент смогли договориться об используемой кодировке существует расширение для протокола FTP, описанное в RFC 2640 ("Internationalization of the File Transfer Protocol"). ProFTPD его пока не поддерживает (нет даже сторонних патчей, но поддержка планируется в следующей версии). Это расширение точно держит pure-ftpd. Кстати это ещё и не все клиенты умеют: точно умеют filezilla и встроенный в Ъnternet Ъxplorer (OMG!!!), точно не умеет firefox 3 =).