ssh не работает аутенификация по ключам

ты заходишь из под того юзера, у которого в ~/.ssh лежит id_rsa ?

# scp /user/.ssh/id_rsa.pub host:/user/
и на хосте
# cat id_rsa.pub >> /home/user/.ssh/authorized_keys

С путями ничего не напутано? Из приведенного следует, что на хосте у user'а дом. каталог в /home/user, а на клиенте в /user

С путями не напутал. Из под юзера заходит. Но если из под рута ssh user@host, то нет.

> Но если из под рута ssh user@host, то нет.

И не будет, пока private key юзера не положить руту в /root/.ssh/id_rsa, или не заходить от рута командой
ssh -i /путь/юзерского/id_rsa user@host

Вдогонку: man ssh_config, чтобы каждый раз этот путь не писать