Это больше теоретичесий вопрос.
Нужно мигрировать всю MySQL базу на другой сервер со следующими условиями:
1. Нельзя останавливать базу данных на исходном сервере.
2. Пароли к MySQL неизвестны.
Если бы можно было останавливать mysql, то уставить новый пароль для root не проблема http://labguru.com/2009/02/recovering-mysql-root-password/