Как прописать mydomain.net как машину?

man named и на lib.ru были ссылки по настройки named

запись mydomain.net CNANE www.mydomain.net

Ну что вы человеку мозги пудрите?!

Прямо в файле конфигурации соответствующей зоны, точно так же, как заносится запись о нейм-сервере данной зоны:

......
IN A www.xxx.yyy.zzz
......

Т.е. перед IN ничего не ставить (в отличие от ситуации с хостами)

Удачи!