Подскажите где настраиваются шрифты?

Не важно, где лежат шрифты. Важно как они прописаны в настройках. Смотри /etc/X11/XF86Config или (скорее всего) XF86Config-4. Там есть раздел с путями FontPath. Проконтролируй, чтобы там на первом месте стояли любимые шрифты, тогда они будут по-умолчанию использоваться (если подходят под запрос). Может быть вариант, что используется xfs (сервер шрифтов), у него свои настройки в /etc/X11/fs/config. Там аналогично прописываешь каталог с нужными шрифтами в начало. Чтобы шрифты не масштабировались (вроде может быть ситуация, когда берется мелкий шрифт - первый в списке, - и растягивается, вместо того, чтобы взять крупный), надо в конце пути написать :unscaled - вроде так.

Да, есть шрифты для консоли, есть для иксов. Прописывай каталоги, где лежат шрифты *.pcf (или их жатый вариант *.pcf.gz).