могут ли работать паралельно обычный Апач и chroot'нутый?

Да пожалуйста, только на разных портах, и только в пределах chroot, или если обычный - тогда вторая копия, и virtualhosts

vitrualhost не подойдет, потому что в одной слишком умной cgi-прогамме жестко зашито, где ее конфиг лежит. Думаю, в chroot'те ее попустит