p.s. тема слишком обширна, чтобы в двух словах объяснить. в кратце - самба чаще используется в гетерогенных сетях, а нфс более эффективен, но использование в гетерогенных сетях затруднено и имеются некоторые дыры в протоколе (хотя четвертая версия сильно лучше в этом плане)