Как поставить два apache и настроить на разные порты

Зачем????????????????????

Компилировать с разными --prefix (т.е. ставить в разные каталоги), а потом в конфигах указывать разные порты. По идее должно получиться.

Один для интрасети, а второй в инет.

Так и сделал, только при заруске второго, первый вырубается и наоборот!

А настроить виртуальные хосты религия непозволяет?

курить httpd.conf на предмет директивы

 Listen

это есть и в 2.0.x и в 1.3.28(в нем во
всяком случае точно есть)

директиву Listen применять не пробывали?