Фрагментация ext4?

это не фрагментация
фрагментацию «считает» filefrag

похоже на ошибку, сделайте fsck

Хост в некотором смысле «боевой» и выводить его из работы для fsck не хочется.

похоже на ошибку, сделайте fsck

Такая взрослая линуксоид, а такие наивные ответы :-)

[viking@viking-ws ~]$ dd of=xxx if=/dev/zero seek=1000000 count=1 bs=1k
1+0 records in
1+0 records out
1024 bytes (1,0 kB) copied, 4,5918e-05 s, 22,3 MB/s
[viking@viking-ws ~]$ ls -la xxx 
-rw-rw-r-- 1 viking viking 1024001024 Фев 26 08:43 xxx
[viking@viking-ws ~]$ du -k xxx
4	xxx
[viking@viking-ws ~]$ 

не встречала раньше такого )

вообще-то практически все bt-клиенты и прочие p2p такое умеют. и это как раз тот случай, когда это не бага, а очень даже фича.

Причем здесь { sparsed files } ?

У него размеры «наоборот», ls показывает меньше du

А у тебя размер блока какой?
sudo dumpe2fs -h /dev/mapper/vg_host-lv_root | grep 'Block size'

Зачем ты газифицируешь лужи и вводишь пользователей в заблуждение? Здесь совсем не тот случай.

Что говорит

stat /path/to/file

Если есть возможность поставить TSK, то можно ещё «ковырнуть» вот так:

sudo istat /dev/sdXN $( stat -c '%i' /path/to/file )