incron

Я сам пытался найти это когда то. Насколько я понял он смотрит только одну директорию, вложенные директории прописывать нужно отдельно...

как вариант - скрипт который добавляет все вложенные директории в incron.

man incron:

Bugs

incrond is currently not resistent against looping. Recursive monitoring (whole subtrees) has not been implemented yet.

Ему явно нужна для этого внешняя обвязка

cat /usr/share/doc/incron/TODO
Currently pending tasks:

* recursive monitoring (whole subtrees)