Вообще у меня убунта мало где стоит, на одном из серверов такое начал замечать недавно - MySQL постоянно делает crash recovery при старте. Ubuntu 10.04 кажись, уже не помню. Стоят все апдейты. Когда делаю «service mysql stop» или «stop mysql», в логе появляется только:
101208 9:33:14 [Note] /usr/sbin/mysqld: Normal shutdown
101208 9:33:14 [Note] Event Scheduler: Purging the queue. 0 events
101208 9:33:14 InnoDB: Starting shutdown...
101208 9:38:12 [Note] Plugin 'FEDERATED' is disabled.
InnoDB: The log sequence number in ibdata files does not match
InnoDB: the log sequence number in the ib_logfiles!
101208 9:38:13 InnoDB: Database was not shut down normally!
InnoDB: Starting crash recovery.
InnoDB: Reading tablespace information from the .ibd files...
InnoDB: Restoring possible half-written data pages from the doublewrite
InnoDB: buffer...
101208 9:38:14 InnoDB: Started; log sequence number 298 2585652036
101208 9:38:14 [Note] Event Scheduler: Loaded 0 events
101208 9:38:14 [Note] /usr/sbin/mysqld: ready for connections.
Version: '5.1.41-3ubuntu12.7' socket: '/var/run/mysqld/mysqld.sock' port: 3306 (Ubuntu)