У меня стоит postfix и cyrus. Как правильно создавать ящики?

Так же, как и все остальные - useradd ...

fuzk истину речет.

Не слушай предыдущий отвечающих.
Раз зашла речь о cyrus, то логично отделить почтовых пользователей от системных и использовать sasl. Соответственно, правильно прописать пользователя в sasldb(чем бы оно не было) + cyrus-admin (смотри на его консоль)