До веб-сайта на сервере очень трудно достучаться.
Как понять, что тормозит? Сам сайт динамический, использует mysql. Но top показывает, что mysql и httpd берут всего несколько процентов процессорного времени. Или это не показатель? Сайт имеет несколько хитов в секунду. Может ли быть какое-нибудь ограничение на траффик? Или что-то другое? И как это можно проверить?