Где правильней хранить сайты?

> А для чего /var/www/ ?

Для хранения сайтов.

K.O.

/var/www для дефолтной конфигурации сервера
в /home это если у тебя на каждый сайт по пользователю, чтоб его странички лежали в хомяке

/var/ он variable

Я обычно засовываю в /srv/www/{site1,site2,site3}

/var/www/ на сервере под один сайт.

/home/${user}/public_html для vhost.

/var/www - это чьё-то тлетворное влияние на Debian. Документы web-сервера надо хранить в /srv/http.

http://www.pathname.com/fhs/pub/fhs-2.3.html#SRVDATAFORSERVICESPROVIDEDBYSYSTEM

/me хранит в /service/webspace

что значит «правильней»? какие критерии правильности?

Ну не знаю: стандарты там какие-нибудь может есть.

/srv/python

статику в /srv/sites

http://www.pathname.com/fhs/