при DDOSe - iptables: Resource temporarily unavailable.

перевесь ssh на другой порт (не 22).

моя телепатия к сожалению не может мне подсказать что за тип ддос-а, при чем тут вообще панели и жив ли твой ссш?

если ссш жив и отзывается, значит ддос либо мелкими пакетами, либо вообще HTTP-запросами (т.е канал не забит). в случае HTTP может помочь nginx, в случае мелких пакетов - фаервол.
и да, вот: http://lists.netfilter.org/pipermail/netfilter/2004-November/057037.html

SSH жив да. Просто я гуглил перед тем как постить - там советовали делать что то из панели, когда такое случяется. Панелей у меня нету.

Стоит nginx и php5-fpm

Не исключено что nginx держит так много соединений, что ось не может сделать больше. Удивительно что по ссх удалось зайти. Я бы уменьшил worker_connections в nginx.