Сервер не мой, я его поддерживаю, но мысли уже кончились.
Итак, условие:
Есть сервер, на котором каждую ночь что-то делает полный бэкап от имени рута.
crontab чист, так же установлена ISP Manager, но в ней тоже чисто.
Это явно выполняется локально, потому что клиент изменил root пароль, но бэкап все равно создавался.
Куда еще можно копать?