/proc/irq/<NUM>/smp_affinity стоит в fff, а прерывания все почему-то на первом ядре обрабатываются:
# cat /proc/interrupts
CPU0 CPU1 CPU2 CPU3 CPU4 CPU5 CPU6 CPU7 CPU8 CPU9 CPU10 CPU11
...
108: 38395 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 PCI-MSI-edge eth0-TxRx-0
109: 29554 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 PCI-MSI-edge eth0-TxRx-1
110: 11132 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 PCI-MSI-edge eth0-TxRx-2
111: 12340 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 PCI-MSI-edge eth0-TxRx-3
112: 10432 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 PCI-MSI-edge eth0-TxRx-4
113: 14631 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 PCI-MSI-edge eth0-TxRx-5
114: 19229 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 PCI-MSI-edge eth0-TxRx-6
115: 21373 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 PCI-MSI-edge eth0-TxRx-7
...
P.S. И еще странность - если сделать к примеру echo 2 > /proc/irq/108/smp_affinity, а потом обратно echo fff > /proc/irq/108/smp_affinity, то прерывания продолжают идти только на втором ядре.