Не работают лимиты

В ядре поддержка собрана?
Смотировано с usrquota?

Или имеются в виду лимиты на процессор, память и т.д.?

maxlogins, fsize точно не работают. квоты стоят, а ядро сусевое так что поддержка должна быть ...

ето просто непрописан модуль pam для лимитов
pam_limits (/lib/secyrity/)

нужно занести в нужные файлы в /etc/pam/*