Невидимость каталогов

имхо никак не сделаешь.... если только какая хитрая игра с ACL, но вряд ли.

можешь убрать атрибут r с нужной категории пользователей с каталога /home
(x оставь!)

...вообще говоря user1 может получить информацию о сущ. user2 (и /home/dir2) из /etc/passwd
есть такой вариант -- каждома пользователю сделать собственную root директорию и chroot при логине. только вот бы еще /proc корректно дублировать, через NFS на самого себя, что ли..

А реализовать такое для самбы можно? С каталогами и доступом (видимостью) внутри.

в смысле -r на директории где надо? не наю - пробуй... винда вроде ругаться начинает.
вообще говоря, почему бы просто запрещать доступ юзеру куда не надо? например разнести хомы юзера один и два и т.п.

попробуй подробнее описать проблему