Директива ScriptAliasMatch по идее должна бы просто преобразовывать URL в путь и всё, делая попутно подстановки из группирующих скобок регэкспа. Но тем не менее...
^/hg((/.*)?)$ /var/www/cgi-bin/hg/hgwebdir.cgi$1
Внимание вопрос: что это ещё за недокументированные возможности Apache'а и почему официальный Меркуриал считает возможным ими пользоваться, да ещё и другим рекомендовать??? (см. офдоки по HG+Apache).