У меня прописано:
$ fgrep pam_password /etc/ldap.conf | grep -v '^#'
pam_password md5
./configure --prefix=/ --sysconfdir=/etc --localstatedir=/var --with-ldap-conf-file=/etc/ldap.conf --with-ldap-secret-file=/etc/ldap.secret
Возился с настройкой passwd для связки с LDAP уже довольно давно, но тогда всё работало нормально, с таким злым багом первый раз сталкиваюсь.
Опция должна называться точно именно pam_password, потому что:
$ fgrep -A2 pam_crypt /etc/ldap.conf
# HEADS UP: the pam_crypt, pam_nds_passwd,
# and pam_ad_passwd options are no
# longer supported.