Есть проблема: если в vsftpd включить chroot, то корневая директория не должна иметь прав на запись. Как все таки разрешить юзеру писать в корень, не выпуская из chroot jail?
/etc/vsftpd.conf:
chroot_local_user=YES
local_root=/var/ftp/user
Если установить:
chown user.user /var/ftp/user
chmod 750 /var/ftp/user
chown root.user /var/ftp/user
chmod 750 /var/ftp/user/