очистить caсhе в squid

Вообще если в конфиге у него прописано правильно (cache_dir по моему, не помню навскидку), так он сам все чистит. У меня занято под него порядка 90% постоянно - и это нормально(правда его кэш живет на отдельном разделе).

cache_dir это же опция для указывания, какой раздел пойдет под cache и сколько он займет. Может опция cache_swap_low и cache_swap_high для этого предназначены?

То, что Вы указали - в процентах от того, что в cache_dir. Default 90%
и 95%, если прочесть комментарии:) А размер кэша указывается в cache_dir
cache_dir ufs <каталог> <размер> <число директорий 1 уровня> <число директорий 2 уровня>