Как сравнить директории на разных хостах

посмотри в сторону checkinstall

Ну если пакетные менеджеры не знакомы и нет времени, то можно сбыдлоадминить - завести гит репозиторий в корне, закоммитить все что есть до обновления, накатить обновление, спросить у гита изменившиеся файлы, скопировать на другую машину.

Лучше качать обновления через apt-cacher :) Качать обновления на один хост, а потом rsync'ать на другой - это очень плохая практика, особенно если вы после этого ещё и намереваетесь в дальнейшем использовать пакетный менеджер.

Я бы повыводил файлы, которые появились с такого-то времени, а потом этот списко копировал куда надо (кстати, структуру каталогов сохранять нужно).

Или, еще проще, если «содержание директорий» до обновления одинаково и наша задача состоит в том, чтобы сделать их одинаковым после обновления - rsync.

Про обновления не совсем точно выразился. Мне нужны модули perl отсюда: http://www.cpan.org/

Хотел провернуть финт с git. Не получилось

sles-11-sp2:~/rt-4.0.8 # cd /
sles-11-sp2:/ # ls
bin   dev  home  lost+found  mnt  proc  sbin     srv  tmp  var
boot  etc  lib   media       opt  root  selinux  sys  usr
sles-11-sp2:/ # git init
Initialized empty Git repository in //.git/
sles-11-sp2:/ # git commit -m "fuckyeah"
# On branch master
#
# Initial commit
#
# Untracked files:
#   (use "git add <file>..." to include in what will be committed)
#
#       bin/
#       boot/
#       dev/
#       etc/
#       home/
#       lib/
#       mnt/
#       opt/
#       proc/
#       root/
#       sbin/
#       srv/
#       sys/
#       tmp/
#       usr/
#       var/
nothing added to commit but untracked files present (use "git add" to track)
sles-11-sp2:/ #
sles-11-sp2:/ #
sles-11-sp2:/ # git add *
fatal: Out of memory? mmap failed: Cannot allocate memory
sles-11-sp2:/ #
sles-11-sp2:/ #
sles-11-sp2:/ #

Я не хочу заниматься вырезанием гланд афтогеном через анальное отверстие. Подскажите простой способ. Спасибо.

Я так понимаю лицензия на один СЛЕС, и хочется иметь всё тоже самое на втором? Как вариант указать хранение rpm-ок на основной машине после их установки, потом переносить их чем угодно на вторую машину. Или поднять на первой репу, и дальше 'zypper ar -t rpm-md http://первая-машина/репа local-repo'
Другой вариант - find файлы по дате изменения, и переносить их на вторую машину. Правда это очень криво.

nsf, smbfs, sshfs