Апач в чруте, в <Directory> прописаны настройки для виртуально хоста php_admin_flag safe_mode, php_admin_value open_basedir и т.п но дело в том что апач их не применят для данной директории? если вытащить апач из чрута то все нормально работает. Понятно что не хватает чего-то php или apache, но вот чего?