СISCO скриптом очистить счетчики

Возможно так
$session->cmd("\n");

увы, это первое, что было опробовано

А так?
$session->cmd("
");

$mline = "clear counters ethernet 0 \n";
...
$session->cmd($mline);
:)

блин, это перл ? imho, expect тут куда лучше

Не понял решилось или нет, но может она ждет 0x0a 0x0d?

\n\r

может и прокатит =)

вариант 1: используй expect , как уже сказали.
вариант 2: любой перловский модуль для snmp и сбрасывай счетчики по snmp.