a2ensite [ERROR: No site found matching ][bash]

Вы хотели сказать:

$(sed "s|/etc/apache2/sites-available/||g" <<<"$i")

$(echo "$i" | sed "s|/etc/apache2/sites-available/||g")

Вы хотите воспользоваться sed - это запуск подпроцесса. Для получения вывода подпроцесса нужны скобки $() или кавычки ``.

Вы хотите скормить ему переменную - её нужно написать sed'у на стандартный ввод, отсюда echo «$i» | или <<<«$i».

Что-то я не понял конструкции, которую ты пытаешься сделать.

Вообще вот так можно

for i in /etc/apache2/sites-available/*
do 
  i=$(echo "$i" | sed 's/\/.*\///')
  a2ensite $i
done

for i in $(ls /etc/apache2/sites-available/)
do
  a2ensite $i
done

Спасибо, просто подставив echo все выглядело очень красиво, и не понял почему не срабатывало если просто заменить echo на a2ensite.

Заюзал второй вариант, спасибо.