Если я правильно понял вопрос, то примерно так:
В squid.conf устанавливаешь к примеру:
...
authenticate_program /usr/lib/squid/ncsa_auth /etc/squid/passwd
...
acl password proxy_auth REQUIRED
...
http_access deny !password
С помощью htpasswd загоняешь юзеров с их паролями в /etc/squid/passwd
Запускаешь squid и юзаешь.