Нужно запустить wsgi-приложение от имени пользователя, отличного от того, от которого Apache запускает скрипты (задаётся переменной окружения APACHE_RUN_USER). Как я понял, должна помочь директива WSGIDaemonProcess в настройках виртуального хоста.
Ну допустим у меня есть строка вида
WSGIDaemonProcess helloworld user=john-doe group=john-doe
После настройки апач перезапустил. Но скрипт запускается от пользователя, указанного в APACHE_RUN_USER.
ЧЯНТД?