Много месяцев уже (точный срок не помню, может и с конца прошлого года) наблюдаю такую картину. При активном использовании системы начинает «в никуда» уходить память. Вот свежий пример «промежуточного» состояния. Всего часов через десять после последней перезагрузки, при чём 2/3 времени машина бездействовала.
http://img823.imageshack.us/img823/5890/2256.png
Как видно, суммарная занятость RSS очень невысока. Но показано, что задействовано аж 4Гб оперативки. И это реальная задействованность, не ошибка в подсчётах. Если дело запустить и не перезагружаться несколько суток, то машина начинает заполнять своп, под буфера и кеши выделяется совсем мало, всё начинает притормаживать.
Вот скриншот постарше и с реальным использованием:
http://img546.imageshack.us/img546/6610/5w47.png
Есть мысли, куда копать? «На Gentoo такого не было» ©. Как, впрочем, и на Ubuntu раньше. Вот появилось это в 13.04 или уже в 12.10 — не помню.
Спасает пока только полная перезагрузка. Вырубание иксов и убийство всех юзеровских процессов с последующим рестартом иксов — не помогает.
В данный момент так:
$ free
total used free shared buffers cached
Память: 8120656 6124732 1995924 0 200736 1152256
-/+ буферы/кэш: 4771740 3348916
Swap: 2104508 203544 1900964