Каждый пользователь имеет свой .ssh ?

У каждого пользователя в папке «Работа/проект» лежит файл «Hot-blondies-18th-XXX-superporn.avi». Если я его переименую в «документация.pdf», он изменится у всех юзеров или только у моего?

Если этот файл лежит в вашей домашней папке, то как он может затронуть других пользователей, у которых совсем другие домашние папки? Если вам надо сделать центральное хранилище (но с т.з. безопасности это не самая лучшая затея) - посмотрите в сторону параметра AuthorizedKeysFile в /etc/ssh/sshd_config.

Вы не подскажете каким образом можно изменить публичный ключ для всех пользователей ?

Положить его, например, в /etc/ssh и в sshd_config указать путь к нему. Выше уже подсказали параметр.

1) Изменить все authorized_keys скриптом.

2) Сделать центральное хранилище, как я указал в предыдущем комменте.

Думаю стоит проговорить это. В файлах ~/.ssh/authorized_keys лежат открытые (публичные) части ключей позволяющих входить в систему через ssh соответствующим пользователям. Например закрытый ключ соответствующий открытому ключу лежащему в файле /home/vasya/.ssh/authorized_keys позволяет войти на сервер по ssh с логином vasya.

В общем случае не стоит использовать один ключ для аутентификации всех пользователей в системе.

Я на всякий случай уточню что в одном authorized_keys может быть несколько ключей