Что это за файл php.ini.rpmnew

1. Он заменил существующий php.ini ли новый создал как php.ini.rpmnew и мне нужно его вручную заменить?

Вероятно старый он не трогал.

2. Как обычно поступают админи при обновлении? Проверяют вручную новые директивы? Да там же большой файл, много параметров очень.

Один раз посидеть, все поправить и переименовать в php.ini. Старый конечно в php.ini.old

Посмотри диффом какие строки не совпадают, если что-то не устраивает, тогда можно поменять.

А вообще, работает? - е трожь! ;-)

Он заменил существующий php.ini

Нет.

Как обычно поступают админи при обновлении? Проверяют вручную новые директивы?

man rpmconf

1. Он заменил существующий php.ini ли новый создал как php.ini.rpmnew и мне нужно его вручную заменить?

Пакетный менеджер создал новый php.ini под именем php.ini.rpmnew.
Соответственно текущий php.ini остался как есть.

2. Как обычно поступают админи при обновлении? Проверяют вручную новые директивы? Да там же большой файл, много параметров очень.

Запусти diff на оба конфига и посмотри различия в конфигурации.
Наверняка в CentOS есть какой-то аналог gentoo'вского etc-update.

Благодарю всех за советы. Вручную прошерстил все переменные.