Сделать копию удаленного CentOS

Зависит от ПО. Пофайловое копирование не подходит для некоего специфического ПО, как например SQL. В общем случае копирования файлов достаточно.

1) как нарпимер sql? не понял. sql там есть - mysql, postgresql

2) как именно лучше копировать файлы? Их потом по ssh еще качать надо будет. Таром от рута запаковать всё в один файл?

3) вот скопирую я файлы и что? В виртуалбоксе сделать новый виртуальный hdd, форматнуть в ext, скопировать скачанные файлы в этот новый hdd и запустить grub-install?

1 для баз sql делай дампы. 2 да, вполне можно затарить. 3 просто распаковать и поставить загрузчик. Про особенности виртуальных машин не подскажу.

Временно остановить все сервисы, кроме SSH, копирнуть целиком через rsync.

просто после чудных особенностей винды простое копирование файлов кажется подозрительным. Вдруг там какие-нибудь скрытые ext4-потоки, невидимые зашифрованные разделы, заблокированные антивирусом области, привязка к оборудованию или еще что-то такое))

кстати, SELinux (настроенный неизвестно как) не помешает копировать файлы руту?

Временно остановить все сервисы

Зачем ? Выше правильно посоветовали сжать всю систему в архив, за исключением изменяемых данных. А это в основном логи и файлы баз данных, всё это можно исключить из списка файлов для архивации, используя соответствующий ключ в команде архивации.

После создания архива системы создаются дампы баз данных, которые так же сжимаются.

После чего любым способом скачиваются архив системы и архивы дампов базы.

Кои распаковываются на подгтовленную файловую систему, создаются недостающие директории, в частности в /var/log/*, выполняется chroot и устанавливается загрузчик.

Всё готово.

При чём система продолжает свою работу без остановки.

Архивируйте прямо на системе, всё что смонтировано будет видно.

Затем распакуете, установите загрузчик и поправите /etc/fstab.

Смотрите предыдущее моё сообщение.

просто после чудных особенностей винды

Забудь, как о страшном сне. Только временные ФС типа /proc не копируй.

SELinux

Не подскажу.

Остановить всё, кроме sshd и незатейливо сделать ssh server "dd if=/dev/sda bs=64k" > server.sda.img

кстати, SELinux (настроенный неизвестно как) не помешает копировать файлы руту?

Копировать вроде бы не помешает (по крайней мере, если настроен изкоробки), а вот при запуске всего этого на локальной копии помешает. Его надо будет либо отключить совсем, либо там надо будет какую-то командочку запустить, какую - не помню.

LVM есть ?

нет

а что если бы был?

Самый обычный tar -cjvf all_system.tbz / --exclude-from FILE

В FILE прописать всякие там /dev, /sys, /proc, /tmp и тд и тп Для *SQL - сделать дампы.