Руткит vs Троян

функционально -- нет

Есть. Но не между *nix или win, а вообще.

Троян - это способ распространения (ср. вирус, червь).

Руткит - это инструмент сокрытия проникновения, т.е. сам он ничего не взламывает, а используется после взлома для зачистки следов.

не согласен. троян как следует из названия должен тихонько залезть в машину и ждать сигнала от хозяина чтобы спокрасть чего-нибудь ну или совершить какое-нибудь НЕДЕСТРУКТИВНОЕ действие

руткит же используется не только для зачистки следов (гм?.. вообще-то для этого используются простые утили иногда даже хватает средств системы) но и для прокручивания дырочки для последующего использования атакованной машины. то есть ровно то же самое что и троян и есть

впрочем это вопросы терминологии возможно я и ошибаюсь