Суть такова: во время ввода определённых сочетаний клавиш (не всех) текущее окно теряет фокус. Проявляется у меня, например, на вызове scrot (shift+print), хоткеи к плееру (Ctrl+Alt+Home, Ctrl+Alt+Page Up etc), меню (Super+D) и многие другие.
Всё бы ничего, да в комптоне прописана прозрачность для окон без фокуса, что во время ввода клавиш не всегда удобно
