Старый ноут, стоит Slackware 14.1, LXDE. Lxpanel сверху, ширина 100%. После startx, панель находится не наверху, а ниже на высоту панели. Т.е. между верхним краем экрана и панелью - пустое место для еще одной такой же панели.
Если совершить с панелью какие-либо манипуляции (например, отправить вниз, а потом вернуть наверх), всё становится нормально. Если выставить ширину 99% или 1398 пикселей (разрешение 1400х1050), то и сразу при загрузке всё нормально. Втф?
Изначально такого не было, после чего появилось - затрудняюсь сказать. Как вариант - после того, как отдал контроль над рабочим столом spacefm. Но на самом деле, несколько перезагрузок после этого всё было ок, так что не уверен.