Жила у меня гента на ноутбуке, долгое время (хотя редко) были иногда похрипывания - я думал, что железо во всем виновато. Наиболее часто эти пощелкивания, кажется, возникают, когда уже играет какой-то звук, и в это время начинает проигрываться другой звук. На ноуте я ни во что не играю, поэтому это было редко, и не очень раздражало.
Снес на десктопе дебиан, поставил дженту тоже - и там же появились такие же траблы. Особенно это заметно в dota 2 - там во время игры их сильно много. Значит проблема не хардварная. А так как на демьяне их не было (и с альсой, и с пульсаудио), то значит проблема в дженту, стандартном конфиге и моих кривых руках. Ну или может в модулях каких-нибудь там.
