Убрать тени у gtk3 приложений.

Тени задаются композитором, к тулкитам это отношения не имеет.

Почему вы не уйметесь? Тени захардкодены в mutter. Хотите настраиваемое окружение - ставьте kde, xfce, mate или один из тайлинговых wm. Зачем гном, если ты собираешься его кастомизировать? Он для этого не предназначен.

У GTK3 — CSD, тени рисует тулкит, нет?

Нет.

Напиши лучше разработчикам https://github.com/chjj/compton/issues потому что там если поискать в issues есть баги с отображением теней.

Да. Если включён композитинг, то у всех гтк3 приложений с csd будут тени, даже если композитор их вообще рисовать не умеет.

Какойужос!