В чем удобнее работать с заметками (с n вложенными заметками)

Может какой-нибудь gnote?

Нет, zim круче. Я уж думаю мне больше подошла бы база данных с возможностью запросов, с видом Zim основных групп, и mind map'ом для вида вложенных заметок, с вызовом как синаптик, но увы чего то такого я не нахожу.

org-mode

Я evernote юзаю.

К сожалению ничего нормального нет. Сам искал, но меня больше интересует формат бортового журнала.

Dokuwiki на локалхосте.

emacs

Lifeograph?

Ну.. я, конечно, посмотрю, но, во-первых, мне надо кроссплатформенный (хотя бы лин/вин), во-вторых, скриншоты как-то совсем не возбуждают. Наверное, мне нужен нормальный десктопный клиент чего-то типа евеноута :3 Но линупс им не интересен :(

Попробуй cherrytree. Это аналог Zim, но с некоторыми отличиями.

Тоже задавался таким вопросом, но подходящего инструмента так не нашёл и решил написать сам... правда до сих пор даже писать не начал.

Emacs org-mode. Существуют плагины и для других текстовых редакторов, не только Emacs. Поддерживает вложенные заметки (он из них по большей части и состоит); формат файлов — plain text, поэтому «быстро найти» можно средствами текстового редактора. скриншот

Emacs + Org-mode

web-клиент evernote не?

Не люблю онлайн сервисы.

Dokuwiki на локалхосте

Сам пользуюсь, чего и другим желаю.

скриншоты как-то совсем не возбуждают.

Может видео поможет?