Изменить декорацию окон в терминале

С разными темами metacity никак. Какое DE кстати?
Современный гном поддерживает разные цвета для разных приложений и в настройках gnome-terminal можно выбрать светлое/темное оформление.

DE XFCE...

А причем тут тогда metacity? В xfce используется xfwm. Обьясни, зачем тебе оно нужно? Максимум, что тебе доступно - разные цвета декораций, но не разные темы. К примеру, декорации терминала красного цвета, а всех остальных приложений - синие. Да и то достигается пердолингом.

Во первых - xfwm-тема должна подхватывать цвета темы gtk. Такие темы существуют, найди такую или сделай сам.
Во вторых - найди тему gtk2 с нужными тебе цветами. Необходимо форсировать эту тему для терминала и запускать его командой вида:

GTK2_RC_FILES=/usr/share/themes/THEMENAME/gtk-2.0/gtkrc xfce4-terminal

У меня не xfwm, у меня там compiz стоит. Он ведь метасити для декорации окон использует, вот поэтому про метасити и спрашиваю.

Я так понимаю терминал с определённой темой для метасити запустить нельзя, по аналогии с запуском терминала c определённым gtkrc файлом?

С темой metacity то же самое прокатить может. Найди такую, у которой цвет меняется при смене темы gtk.
Правда с gtk3-приложениями это вряд ли сработает, да и не знаю, как себя в этом плане поведет декоратор компиза - он может проигнорировать цвета.