Похоже на то, что так обозначается установленный пакет, у которого нет установленной версии в репозитории. Он просто не может угадать, тебе его надо апгрейдить (>) или даунгрейдить (<), потому что у тебя установлена версия непонятно какая.
ТС думай так: в генту все есть оверлей (а оверлеи менеджется с помощью..). даже «/usr/portage». А с недавнего времени (см про «переезд» выше) все так и стало.
По теме: каждый оверлей должен иметь название (см «/usr/portage/profiles/repo_name»). у тебя его нет или пустой. как-то так
Да, кстати, во вчерашнем eix-0.30.8 проблема не исправлена, и не факт, что даже в нём она. (во всяком случае, в апстриме, может, у генты ещё свои волшебные патчи есть, которых там нет)
починилось, после обновления @system. Всё видно тут.
Sun Mar 22 15:53:12 2015 >>> sys-libs/timezone-data-2015b
Sun Mar 22 15:53:17 2015 >>> sys-apps/which-2.21
Sun Mar 22 15:53:42 2015 >>> sys-apps/file-5.22-r1
Sun Mar 22 15:54:03 2015 >>> sys-libs/cracklib-2.9.2-r1
Sun Mar 22 15:57:38 2015 >>> dev-libs/openssl-1.0.2a
Sun Mar 22 15:57:52 2015 >>> app-misc/ca-certificates-20141019.3.17.4
Sun Mar 22 15:58:59 2015 >>> sys-apps/util-linux-2.26.1-r1
Sun Mar 22 16:03:40 2015 >>> x11-libs/gtk+-2.24.27-r1
Sun Mar 22 16:14:05 2015 >>> kde-base/kdelibs-4.14.6-r1
Sun Mar 22 16:14:24 2015 >>> sys-auth/polkit-kde-agent-0.99.1-r1
Ну или после пятикратного eix-sync, я не знаю, но перед обновлением оно не очень работало.