поставил галочку при коннекте «save password in keychain» после этого при коннекте к базе выдает «error looking up password. Error communicating with gnome-keyring-daemon»
Под рутом запустил воркбенч - всё работает. Попробовал удалить .mysql/workbench/ не помогло. Не планирую использовать gnome-keyring. Что удалить, чтобы нормально работал воркбенч ?