Если не арч и не gentoo, то нужен патч из убунты gtk-shell-shows-menubar.patch, чтоб можно было скрыть меню у Gtk2 приложений (для Gnome3 все работает из коробки, для qt нужен appmenu-{qt,qt5}, для обоих версий Gtk также нужен unity-gtk-module, если приложение не использует GMenuModel)
По сути этот плагин заменяет indicator-appmenu, который крашится в крысе.
Можно и со стоковыми, в дебе главное найти пакеты libbamf и unity-gtk-module (можно из убунтовых спеков собрать, можно просто из LTS убунты вытащить). Также если у вас не убунту, я сейчас схему приложу, чтоб unity-gtk-module работал (я на арче руками подкладывал ее)