Осуществил сабж, т.к. поддерживать в генте работоспособность первого выглядит как мазохизм. Почти всё настроил, остались вопросы:
1. В «управлении питанием» пропала опция ложить ноут в спячку по power button. Насколько я понял надо настраивать polkit. Нагуглил пару конфигов, но так ничего и не добавилось.
2. В наутилусе раньше была интеграция с keyring, т.е. он предлагал запомнить пароли для ftp и sftp. Я так понял gnome-keyring в mate не портировали. Поставил seahorse из гнома-3, но всё равно caja не предлагает пароли сохранить и старые не помнит.
3. Есть gui для выбора gtk-3 темы? А то софт мигрирует и становится уродским (пока маскирую gtk-3 версии, но долго это не получится делать).
P.S. Нашел отличный пакет с апплетом меню для панели (как в мак-оси, тыц), потихоньку пилю ебилды