Что лучше usb беспроводной адаптер или pci express карточка?

Я пользуюсь USB, воткнут сзади системника - так что проблем с выдергиванием нет, как и проблем с собс-но работой. Единственно, что когда будешь брать, без разницы какой вариант, обязательно прогугли как оно работает под линуксе.

и не торчит снаружи

А антенна?
USB мне кажется лучше потому, что в случае плохого сигнала, его можно воткнуть в удлинитель и отдалить от системника, немного изменить положение.

Я выбрал USB. Т.к. в случае незагрузки по причине Wi-Fi можно не разбирая пол системного блока отключить адаптер и нормально загрузится, а потом нормально включить и разобраться в причине.

Ахах, modprobe.blacklist=

у меня было только 2 wifi-«свистка», оба на чипах Ralink, моделей не помню, но разные. С обоими были проблемы. Один отваливался если комп был выключен, а на usb-порт подавалось дежурное питание. Другой просто внезапно переставал передавать данные. Под виндой они так же работали кое-как. Больше не беру такие девайсы.

usb можно с собой взять

ИМХО карта лучше. Пробовал передавать файл на 4 гига по WiFi, после примерно 1,5 гигов адаптер перегревался и вырубался.