linux защищен от модификации файлов извне?

Интересно, если подхвачу вирус в Windows может он сделать плохо linux? Не убить, а именно инфицировать?

Да, может. Правда для этого вирусу/трояну придётся уметь в ту ФС и быть нацеленным именно на дуалбут-системы. Но это возможно.

Или в linux есть верификация файлов для защиты от модификации?

Тут не знаю. Но шифрование разделов точно поможет (тогда убить сможет, но подложить бяку — нет). А лучше всего поможет физическое отключение дисков с нормальной ос и важными данными, когда загружаешься во всякую дрянь. Тогда и в загрузчике дуалбут не нужен — диски переткнул и поехал.

если подхвачу вирус в Windows может он сделать плохо linux

Теоретически сможет, на практике не реально.

То есть если установить загрузчик на флэшку то это должно помочь при условии, что диск зашифрован.

Но шифрование разделов точно поможет

Поможет, если ключ втыкать только при загрузке в linux, получается то же физическое переключение дисков - вид сбоку.

подхвачу вирус в Windows

Под админом не запускай. И вообще песочница Sandboxie рулит.

Интересно, если подхвачу вирус в Windows может он сделать плохо linux? Не убить, а именно инфицировать?

Теоретически - да (если без шифрования). Практически - нет.

Остается возможность инфицирования BIOS/UEFI, который на лету модифицирует загрузчик и перехватит введенный пароль. Всего лишь код, никакой магии.

Остается возможность инфицирования BIOS/UEFI

Ещё бывают вирусы в прошивках жёстких дисков.

Если найдёшь вирус, который это всё умеет, поделись, а?

Агент АНБ детектед.

Если на то пошло, то бэкдор может быть в любом девайсе, который имеет прямой доступ к памяти.